Yezd'in Med İmparatorluğu'na kadar giden, 5000 yıllık bir geçmişi var. İlk zamanlarında adı Ysatis'miş. Daha sonra Sasani İmparatoru I. Yezdigirt sebebiyle Yezd olmuş. Sasani zamanlarında Zerdüştlerin yoğun olarak yaşadığı yerlerdenmiş. Bu nedenle, müslüman Arapların istilası sonrası, çevredeki birçok şehirden Zerdüştlerin buraya yoğun göç başlamış. Doğal olarak, Zerdüştlerin kalesi haline gelen Yezd'de İslam'ın yaygınlaşması pek de kolay olmamış.

13. yüzyılda Marco Polo buradan geçtiğinde, seyahatnamesine  "çok hoş, görkemli bir şehir ve ticaret merkezi" diye not düşmüş. İki çöl arası zor ulaşılır konumu sayesinde Cengiz Han ve Timur'un gazabından kurtulmayı başaran şehir, 14. ve 15. yüzyıllarda ipek, tekstil ve halı dokumacılığı ile gelişmiş. Muzafferiler döneminde başkent olmuş. İran'nın genelinde olduğu gibi Safevi dönemi sonrası düşüşe geçmiş ve merkeze uzak kalmış olsa da son Şah'ın demiryolu ağını Tahran'dan Yezd'e kadar uzatmasıyla tekrar eski günlerine dönmüş.