Bolivya Ant Dağları'nın doğu eteklerinde yer alan bir bölgede bulunan arkeoloji alan "El Fuerte" ismi ile de bilinir. Samaipata arkeolojik alanı iki bölümden oluşmaktadır:  Bunlardan birincisi, eski şehrin (14-16. Yüzyıl) dini seramonilerinin merkezi olduğuna inanılan ve bir çok oymanın yer aldığı vadidir. İkinci bölüm ise bu vadinin güneyinde kalan ve yönetim merkezi olarak kullanılan, aynı zamanda yerleşim merkezi görevi gören bölümdür.

Şehri hakimiyeti altında tutan devasa bir kayadan oyulmuş yapı, pre-Hispanik dönemin gelenek ve inançlarına tanıklık eden ve Amerika'da benzeri bulunmayan eşşiz bir eserdir. Kayanın en tepesinde oturaklar biçiminde oyularak yapılmış bulunan bölüm "Rahipler Korosu" adı ile bilinir. 

Yapının askeri amaçlı olarak inşa edilmediği, daha çok pre-Kolombiya dönemine ait bir inanç merkezi olduğu düşünülmektedir. Pre-İnka kültürüne ait Arawak kökenli Chavin halkı tarafından inşa edilmiştir. Tapınağın yakınında, bir İnka şehrinin antik kalıntıları da yer almaktadır.  Hem İnka halkı, hem de Chavin'ler bölgeyi zaman zaman ele geçiren Guarani  savaşçıları nedeni ile oldukça sıkıntı yaşamışlardır. İşgaller sonrasında Guaraniler Santa Cruz şehrinin tüm vadi ve ovalarını ele geçirerek şehri yıkmışlardır. Bu tarihten sonra bölge, İspanyol kolonileri dönemine kadar Guarani hakimiyeti altında kalmıştır. 

Tapınağın yakınlarında İspanyollar tarafında kurulan bir yerleşim bölgesi yer aldığı gibi, Endülüs dönemine ait tipik Arap mimarisini yansıtan kalıntılar da bulunmaktadır. İspanyollar bir süre sonra tapınağın yer aldığı bölgeyi terk ederek şimdiki Samaypata şehrinin yer aldığı vadiye yerleşmiştir.El Fuerte Bölgesinin eşsizliği, bu kültür çeşitliğinin yansımasından gelmektedir. Bölge, Chavinler, İnkalar ve İspanyollara ait mimari kültür öğelerine ev sahipliği yapmaktadır. 

El Fuerte'de yer alan El Cascabel adlı yapı, bölgenin en önemli öğesi olarak kabul edilmektedir. Yapıdaki iki paralel hat, gökyüzünde 71 derece güneyde ve 6.75 derece yükseklikteki belirli bir bölgeye işaret etmektedir. Bu konum öyle bir alanı işaret etmektedir ki; El Fuerte'nin eteklerinde İnka duvarının önündeki gözlem noktasında  durarak  bu paralel çizgilerin arasından bakan bir kişi, 20 Ağustos 1066 yılında gündoğumu sırasında  Venüs ve Jüpiter gezegenlerinin paralel biçimde doğduklarını izleyebilmiştir. Bazı arkeologlar, kayalar üzerinde yer alan alışılmadık oyukların İnka öncesi uygarlıklar tarafından Halley kuyruklu yıldızının dünya üzerinden Mart 1066 yılındaki geçişini anmak üzere yapıldığına inanmaktadır.